O Conselho Consultivo da FLOTA é composto por representantes de órgãos estaduais e federais ligados ao meio ambiente e representantes da sociedade civil como lideranças indígenas, agricultores, representantes de associações rurais, etc. É o maior Conselho Consultivo das UC´s do Amapá, com 38 conselheiros, além dos suplentes.

Duas vezes ao ano o conselho se reúne para deliberar sobre assuntos diretamente ligados à gestão da unidade e possuem poder de voto e opinião.